سونیک، ناکلز و تیلز با یک دشمن جدید و قدرتمند به نام شدو روبرو می‌شوند، یک شرور مرموز با توانایی‌هایی که تا به حال با آن مواجه نشده‌اند. حال آن‌ها برای مبارزه با شدو با هم متحد می‌شوند، اما زمانی که توانایی‌های آن‌ها به هیچ وجه با شدو برابری نمی‌کند و آن‌ها با شکست مواجه می‌شوند، باید به دنبال یک اتحاد غیرمنتظره برای متوقف کردن شدو و محافظت از سیاره باشند و ...

داستان انیمیشن ماجراجویی‌های بامزه و هیجان‌انگیز ناکلز را به تصویر می‌کشد که موافقت می‌کند، معاون کلانتر "وید ویپل" را به عنوان دستیار خود پذیرفته و شیوه‌های جنگجوی اکیدنا را به او آموزش دهد، اما ...